Novému nariadeniu GDPR sa nevyhnú ani neziskové organizácie. Tento krok Európskej únie je absolútne adekvátny, pretože aj neziskové organizácie, dobročinné spolky a združenia často spracúvajú osobné údaje. Tieto organizácie môžu zbierať údaje o darcoch, dobrovoľníkoch, príjemcoch pomoci, či členoch, a preto je potrebné zabezpečiť, aby tieto údaje boli správne chránené a spracovávané v súlade s pravidlami GDPR. Doteraz ochrana týchto dát nebola vždy dostatočná, čo GDPR napravuje. Neziskové organizácie musia zaviesť primerané opatrenia na ochranu osobných údajov, rovnako ako komerčné subjekty.